вы когда болеете сильно есть хотите?
Думается с рыбами тоже самое происходит.
ПРи отключенном фильтре, начинается гниение тех самых "добрых" бактерий, которые переваривают аммиак. А происходит это потому что перестает приток кислорода вместе с водой. В результате выделяется аммиак (аммоний) и сероводород. После того как вы включили фильтр, вы разово выплюнули эту отраву в банку. Отсюда и отравления. Хотите верьте - хотите нет, но подобных случаев уже мульон. И каждый не верит.
При ухудшении качества воды, возможно и обострение болячек как результат стресса рыб и ослабления иммунитета. Как всем известно все болячки от нервов...
