и ее температура может отличаться от температуры в аквариуме
А что тебя смущает? Какая разница, где стоит датчик. Холодильник проточный, поэтому, чем больше скорость протока, тем меньше разница температуры входа и выхода. Но в любом случае она не будет очень заметной. Конечный результат будет одинаковый. Главное, чтобы хватило мощности холодильника на объём воды в аквариуме.
Конкретный размер диаметров не знаю, но желательно, чтобы патрубки холодильника были большего диаметра. Хотя, если уменьшение протока (при меньших патрубках у холодильника) не ухудшит фильтрацию, то тоже - на эффективности охлаждения это не отразится.