А почему, как только разговор о протоке, так сразу аквариум сверлить? Можно устроить сливной сифон: труба канализационная диаметром 32 мм (можно 40) через край, колено (снаружи) ниже уровня воды, слив из сифона - на требуемом уровне. Делов на час, а не понравится - разобрал. С крышкой, правда, в этом случае придётся поработать, но так ведь это проще сверления боковой стенки. Ну, постоянную протоку я, конечно, не делал, всё это у меня для наполнения САМПа, но поскольку речь идёт о возможном засорении перелива, то, вот, за два с лишним года перелив - из аквариума в САМП, по типу сообщающихся сосудов из 32-ой трубы - не прочищал пока ни разу.
По поводу долива холодной воды. Если приток будет больше 1/10 в сутки, то придётся озаботиться хорошим подогревом.